L'organisme responsable est le Pyrodinium bahamense, un plancton unicellulaire qui convertit une perturbation mécanique en un éclat de lumière bleue durant environ un dixième de seconde. Porto Rico possède trois lagunes de ce type. Seule la Laguna Grande, située sur l'épaule nord-est de l'île à Las Croabas, est accessible par un chenal naturel coupé à travers la mangrove rouge — c'est pourquoi l'excursion dans la baie bioluminescente de Fajardo depuis San Juan est devenue la plus accessible des trois.
La lagune se trouve à l'intérieur de la réserve Cabezas de San Juan, un territoire rassemblé par des conservateurs portoricains à la fin des années 1970 et ouvert au public en 1991 sous l'égide de Para la Naturaleza. Sept écosystèmes se rencontrent sur quelques centaines d'hectares : forêt sèche, récif corallien, herbiers marins, plage de sable, lagune, mangrove et falaise. Le phare espagnol de 1882 situé au-dessus du promontoire, El Faro, demeure l'un des plus anciens de l'île. Les frais financent directement la fondation ; les 12 USD de frais de conservation pour adulte ne sont pas un prix d'entrée mais une contribution à l'entretien de la réserve.
L'importance de la lagune est aussi bien chimique que scénique. La bioluminescence y dépend d'une étroite bande de salinité, des tanins lessivés des racines de mangrove et de l'obscurité. La pollution lumineuse des réverbères, le carburant des bateaux et les résidus de crème solaire dégradent tous la réaction. Vieques a subi des années de déclin avant de se rétablir ; les visiteurs qui hésitent entre une excursion dans la baie bioluminescente de Vieques depuis San Juan et celle de Fajardo choisissent souvent cette dernière pour le trajet plus court depuis la capitale et le chenal protégé. Une excursion dans la baie bioluminescente depuis San Juan couvre environ 50 kilomètres le long de la Route 3 et de la PR-987 jusqu'à Carr. 987 km 5.9.
Le chenal de mangrove lui-même est l'architecture qui définit la réserve — un corridor à peine large de quatre mètres par endroits, couvert par des Rhizophora mangle dont les racines échasses filtrent les sédiments et piègent les nutriments dont se nourrit le plancton. Les guides le parcourent en file indienne en pagayant. Au-delà du chenal, la lagune s'ouvre sur environ un demi-kilomètre carré d'eau peu profonde, chaude et presque fermée.
Historiquement, Las Croabas était un village de pêcheurs dont les équipages connaissaient la lueur bien avant que la science ne la décrive. Les récits coloniaux espagnols la traitaient avec méfiance. Aujourd'hui, la science est établie et la réserve est une étude de cas en matière de conservation insulaire. Réserver une excursion dans la baie bioluminescente depuis San Juan signifie entrer dans un laboratoire de travail, et non dans un spectacle — l'un des rares endroits où un point de repère des Caraïbes est mesuré aussi souvent en nombre de cellules qu'en nombre de visiteurs.
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